南山慢病院业务防治工作连续十余年获得深圳市公共卫生服务质量整体评估考核第一名，连续多年获评“深圳市慢性病防治工作先进单位”、“深圳市精神卫生防治工作先进单位”，多次获评“广东省性病防治先进单位”、“广东省结核病防治先进单位”等。

【2022年】获中国疾病预防控制中心慢病中心第七届“万步有约”健走激励大赛全国银牌健走示范区、全国优秀健走组织单位奖等；获中国疾控中心慢病中心“产品伤害监测工作先进单位”荣誉表彰；获中国疾控中心慢病中心“2016-2020儿童伤害预防项目先进集体”称号；获评“全国生殖道衣原体感染综合防治试点2022年度先进集体”；连续十年获“2022年度广东省性病防治先进单位”称号；院团支部获评2021-2022年度广东省“五四红旗团支部”；连续两年获“深圳市老年人心理关爱项目优秀区”荣誉称号等。

【2021年】自主研发的结核病综合管理系统被国家卫健委列为全国典型，受邀在第三届数字中国建设峰会“数字化战疫”专区进行展示；获中国营养学会2021年度全民营养周活动示范单位；获2020年度国家淋球菌耐药监测点工作综合考核进步奖；获第六届“万步有约”全国“银牌健走示范区”称号；获2019-2020年度广东省性病防治先进单位；第六届“万步有约”广东省“金牌健走示范区”称号；获2020年度广东省先进性病实验室称号等。

【2020年】获得国家、省、市、区各类表彰百余项，包括：精卫科范北方同志荣获国家卫健委“全国敬老爱老助老模范人物”表彰；“南山区结核病综合管理平台”获国家卫健委办公厅通报表扬；国家基本公卫服务总成绩全市第一，政府绩效考核指标高分通过。院实验室评定为2020年度广东省先进性病实验室，深圳市结核病区域实验室。院党委荣获市委卫生工委“2020年先进基层党组织”称号；脑卒中三名工程绩效评估获B级被全市通报表扬；精神卫生科、皮肤性病防治科、检验科三个科室荣获“2020年度深圳市巾帼文明岗”称号。精神卫生区域学科联盟工作在2020年首批区域学科联盟建设专家督查中获评最高分。以党支部评星定级为抓手，院内9个在职党支部均高分获评三星支部，3个党支部被区委卫生工委推荐参评四星支部，在全系统名列前茅。院内84人次获得市区院级抗疫先进个人和优秀共产党员称号。

【2019年】2019年被中国预防医学会授牌正式成为华南地区首家、广东省第一家中华预防医学会健康科普基地；南山慢病院“学习铸魂”党建品牌被广东省卫健委列入全省提高医院党建质量推进“四有”工程建设首批22个试点单位之一，并代表深圳市做了主题发言；Brigitte Gicquel 教授结核病团队依托科室或市级三名工程通报表扬；2018-2019年度深圳市控烟先进单位等。

【2018】获“全国十佳优秀”国家慢性病综合防控示范区称号；八段锦对老年人平衡功能影响研究项目先进集体；2018年全国爱牙日优秀单位；2017-2018年度广东省城市癌症早诊早治项目“项目管理优秀奖”；2018年度深圳市巾帼文明岗；2018年度深圳市精神卫生工作（先进集体）； 2018年深圳市公共卫生医疗机构科技影响力排行榜区级机构第一名；深圳市科技进步奖等。

【2017】广东省严重精神障碍管理治疗工作先进县（区）； 广东省百千万志愿者结核病防治知识传播活动组织突出奖；广东省2017年度儿童口腔疾病综合干预项目（窝沟封闭）优秀实施单位；获深圳市五一劳动奖状等。